La rugosité de surface va vous engendrer des variations de l'absorption du rayonnement X. Si l'on considère que l'ordre de grandeur de la taille de la "poire" d'interaction (qui montre l'enveloppe des trajectoires des électrons du faisceau dans la matière) est du micromètre, l'émission X engendrée, et encore plus l'émission X émergeante, est majoritairement très proche de la surface (voir les fonctions PhiRhoZ). Une simulation de Monte Carlo dans vos conditions d'analyse peut donner de bonnes indications des profondeurs concernées. La charge va provoquer une décélération des électrons (qui peut être estimée en observant la limite de Duane Hunt dans votre spectre à sélection d'énergie). Cette décélération va limiter l'émission et déformer vers la surface la probabilité d'émission en fonction de la profondeur.
Il est quasiment impossible d'avoir un estimateur des erreurs introduites dans ces deux cas (et encore plus en cumulé).
Les calculs d'oxyde par stoechiométrie ne sont valables que sur des phases stables, ce qui est le cas de la majorité des échantillons minéraux, mais pas toujours le cas dans les métaux où les écarts à la stoechiométrie sont fréquents. La méthode de calcul de l'oxygène par stoechiométrie est fiable si vous pouvez être sûr du degré d'oxydation.
(réponse de F. Grillon - ENSMP)