La microscopie électronique à balayage ne permet de visualiser que la surface d'un échantillon, pas son volume comme cela pourrait être fait par micro-tomographie à rayonnement X synchrotron.
La reconstruction 3D dans un MEB, faite à partir de 2 images prises sous 2 angles, va donner accès à la rugosité de cette surface : faciès de rupture si l'échantillon a été cassé, ou éventuelles rayures de polissage si l'échantillon a été poli !